SMA Santo Aloysius awalnya didirikan di Jalan Sultan Agung, sebagai bagian dari SMP dahulu Meer Uitgebreid Lagere Onderwijs (MULO) Santo Aloysius. Pendirinya merupakan biarawan-biarawan dari Bruder Bruder CSA (CONGREGATIO SANCTI ALOYSII ) .

Selama pendudukan Jepang seperti yang dialami oleh sebagian misionaris Belanda, ada beberapa bruder CSA yang juga dimasukkan kamp-kamp tahanan Jepang baik di Surabaya maupun di Bandung. Itulah awal masa-masa sulit bagi perjalanan kongregasi. Banyak sekolah bruderan, asrama maupun panti asuhan yang dijadikan markas tentara Jepang, akibatnya sebagian anak-anak dipulangkan atau diungsikan ke tempat yang aman.

Pasca Kemerdekaan RI meskipun sekolah, asrama, panti asuhan diserahkan kembali ke bruderan, termasuk sekolah Santo Aloysius Bandung, namun kesulitan toh tetap ada hanya bentuknya yang berbeda. Beberapa bruder karena berstatus WNA tidak diijinkan mengajar di Indonesia, sebagian besar kembali ke negeri Belanda dan sebagian kecil lagi mengikuti proses untuk menjadi WNI.
Pada waktu-waktu selanjutnya, para bruder dari Belanda, sebagaimana dialami oleh para misionaris lain, juga sulit masuk ke Indonesia karena peraturan pemerintah RI yang membatasi tenaga misionaris. Namun panggilan di negeri Belanda pada era itu juga sudah menurun. Sementara para bruder asli Indonesia masih sangat sedikit. Akibatnya karya-karya yang besarpun terutama di bidang pendidikan mulai kehilangan tenaga-tenaga handalnya.

Pada pertengahan dekade 1970-an, para bruder CSA meninggalkan Bandung. Sekolah Aloysius diserahkan kepada Keuskupan Bandung, kemudian, keuskupan Bandung meminta Ordo Salib Suci (Ordo Sanctae Crucis/ OSC) untuk menangani persekolahan ini.

Pastor Henk Van Iperen, OSC ditugasi pada saat itu mengelola sekolah Santo Aloysius. Sejak saat itu persekolahan Aloysius semakin berkembang dengan visi dan misi yang tajam. Pada tahun  1978 Pastor Henk merintis pendirian TK dan SD Santo Aloysius di Jalan Trunojoyo dan kemudian Sekolah Santo Aloysius di Batununggal.


Pada tahun 2020, wabah COVID-19 muncul dan membuat hampir seluruh dunia mengalami kelumpuhan di berbagai sektor, termasuk sektor pendidikan. Beradaptasi dengan perkembangan dan tantangan zaman, Sekolah Santo Aloysius menghadapi pandemi ini dengan mengubah sistem pembelajaran menjadi pembelajaran daring menggunakan platform Scola LMS dan juga Zoom Meeting. Walaupun sistem pembelajaran daring memiliki banyak kelemahan, cara ini merupakan cara terbaik dalam menjaga keberlangsungan kegiatan belajar mengajar di tengah pandemi yang sedang berlangsung. Dengan cara ini, murid - murid tetap mampu mengakses berbagai materi pelajaran dan menambah pengetahuan mereka.